肛瘘有很多种类型，由于分类方法的不同，而有不同的名称，常见的分类方法有以下几种：

一、按病变程度分类：

1、单纯性肛瘘：只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘。

2、复杂性肛瘘：瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。

二、按病变的深浅分类：

1、低位肛瘘：瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘。

2、高位肛瘘：瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。

三、按内、外口分类：

1、内盲瘘：只有内口而无外口的肛瘘。

2、外盲瘘：只有外口而无内口的肛瘘。

3、内外瘘：内口、外口和瘘道均存在，临床上更多见。

四、按病理分类：

1、化脓性肛瘘：临床较常见。局部红肿热痛较明显，脓液粘黄稠，味恶臭。

2、结核性肛瘘：临床较少见。多有结核病史，局部红肿热痛水明显，脓液稀薄，色白。

五、按病变的部位分类：

1、皮下瘘：瘘道位于肛门周围皮下，多由于肛裂感染引起。

2、粘膜下瘘：瘘道位于直肠粘膜下，多由于直肠粘膜损伤，或痔注射术后局部感染所致。

3、内外括约肌间瘘：可分为低位肌间肛瘘和高位肌间肛瘘。

4、坐骨直肠窝（肛提肌下）肛瘘：由坐骨直肠窝脓肿发展而来。

5、骨盆直肠窝（肛提肌上）肛瘘：由骨盆直肠窝脓肿发展而来。