1.肛周脓：

肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。

2.直肠肛门损伤：

外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。

3.肛门裂反复感染：

肛门裂反复感染可并发皮下瘘。

4.会阴部手术：

内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。

5.结核：

既往报道结核病并发结核性肛瘘者甚多。高达26．9%，近年来明显下降为4%～10%。主要为吞咽结核菌引起，少数也可血行感染引起。

6.溃疡性大肠炎

7.克罗恩病伴发：

克罗恩病伴发肛瘘者高达14%～76%。

8.直肠肛管癌：

直肠肛管癌波及深部并发肛瘘。

9.血行感染：

糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘。

10.其他：

淋巴肉芽肿，放射菌病，尾骶骨髓炎，直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门直肠脓肿及瘘。